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在饲料中添加微生态制剂，能有效降低畜禽粪便中氮、磷和微量元素的排泄量，从源头减少污染物的排放，减轻畜禽粪便对环境的污染。
在进行养殖生产的时候，当微生态制剂饲喂之后，其有益微生物一方面可以满足微生物本身的协同作用，同时还可以提升肠道的活动功能，减少粪便的实际排出量，进而提升对于磷与蛋白质等物质的消化率；在动物的粪便中，磷的含量降低，产生的氮磷则可以满足植物以及农作物的实际需求；
另外，有效阻止外来有害菌的侵袭，对原本的腐败菌群进行竞争性的排斥或者是抑制，这样就可以减少蛋白质朝着胺、氨转化，从而降低肠道内以及血液之中的含量，并且也可以避免粪便之中致病菌与氨等有害气体排出，从而满足舍内空气质量的要求，并且还能够减少对环境的污染
饲料及饲料原料发酵剂
发酵饲料主要是将饲料原料以及饲料作为其底料，再配合上适当的微生物菌种发酵剂，人工的控制水分、温度、发酵时间等条件，然后通过其本身的代谢繁殖，生产具有高活性益生菌以及具有相对应功能性的代谢产物的饲料。
其中，最为常见的发酵原料包含了薯类、籽实类、糠麸类等。在饲料发酵之中使用的微生物种类有酵母、乳酸菌、曲霉等。
乳酸菌主要定植在肠道之内，可以发挥耐酸、产酸以及抗抑菌素的功效；芽孢杆菌本身可以分泌出淀粉酶、脂肪酶以及蛋白酶等活性酶，然后对抗营养因子进行分解，最终提升饲料的实际利用率；酵母菌类可为动物提供蛋白质，帮助消化，促进有益菌的生长。
