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微生态制剂又称微生态调节剂，是根据微生态原理制备的制剂。其目的是调整微生态失调，保持生态平衡，以达到防病、治病的效果。
微生态制剂在20世纪70年代兴起时，被认为只有活的微生物才能起到微生态的平衡作用，因此认定微生态制剂是活菌制剂，甚至有一段时间，把微生态制剂就称为“活菌制剂”。但随着科学研究的深入，微生态制剂的不断发展，大量资料证明，死菌体、菌体成份、代谢产物也具有调整微生态失调的功效。
因此在1994年德国海德堡召开的国际微生态学术讨论会上，对微生态制剂(益生菌)下的定义为：“益生菌是含活菌和(或)死菌，包括其组分和产物的活菌制品，经口或经由其它粘膜途径投入，旨在改善粘膜表面处微生物或酶的平衡，或者刺激特异性或非特异性免疫机制”。这一定义非常明确地回答以下重要问题：
(一)微生态制剂的有效成份是活菌、死菌及代谢产物。
(二)微生态制剂的作用一是调整微生态和酶的平衡，另一是提高免疫功能，这一定义较科学的全面的解释了微生态制剂已被国内外绝大多数学者所接受。同时我国卫生部同样也认可这一观点，因此在卫生部制定的“益生菌类保健食品评审规定”中第三条规定：“益生菌菌种必须是人体正常菌群的成员，可利用其活菌、死菌及其代谢产物。
